Valvontaviranomaisia ovat ELY-keskus (alueellinen ympäristökeskus) ja kunnan ympäristöviranomainen (YSL 22§). Näiden toimivalta on yhtenevä lupaviranomaisen toimivallan kanssa.

ELY-keskus laatii valvontasuunnitelman toimialueellaan oleville luvanvaraisille toiminnoille. Valvontasuunnitelmassa esitetään valvonnan tavoitteet, valvontakäytännöt ja käytettävissä olevat resurssit. Ympäristölupavelvolliset laitokset on jaettu neljään valvontaluokkaan. Eläinsuojien valvontaluokat ovat yleensä III–IV. Määräaikaistarkastusten tiheys riippuu luokasta.